《分子进化与系统发育》[PDF]

本书从研究方法和技术着手，探讨了分子进化生物学的热点问题，系统地介绍了用于蛋白质和DNA进化研究的统计方法。
本书共14章，内容包括：进化的分子基础、氨基酸序列的进化演变、DNA序列的进化演变、同义与非同义的核苷酸替代、系统发育树、系统发育的推论、系统发育推断、系统树的精确性和统计检验、分子钟与线性树、祖先核苷酸与氨基酸序列、遗传多肽性和遗传、用遗传标记构建群体树、学科展望等。..
可供生物学、医学、农林等相关专业师生使用，也可供有关科研工作者参阅。

第一章 进化的分子基础.
1．1 生命的进化树
1．2 进化机制
1．3 基因的结构与功能
1．4 DNA序列的突变
1．5 密码子使用频率
第二章 氨基酸序列的进化演变
2．1 氨基酸差异和不同氨基酸的比例
2．2 泊松校正(PC)和厂距离
2．3 自展法的方差和协方差
2．4 氨基酸的替代矩阵
2．5 突变率和替代率
第三章 DNA序列的进化演变
3．1 两个序列间的核苷酸差异
3．2 核苷酸替代数的估计
3．3 厂距离
3．4 进化距离的数值估计
3．5 核苷酸序列的对位排列
3．6 进化距离估计中有关序列间隔的处理
第四章 同义与非同义的核苷酸替代
.4．1 进化通径方法
4．2 基于Kimura双参数模型的方法
4．3 密码子3个不同位置的核苷酸替代
4．4 用于密码子替代模型的似然法
第五章 系统发育树
5．1 系统发育树的种类
5．2 拓扑差异
5．3 构树方法
第六章 系统发育推断：距离法
6．1 UPGMA
6．2 最小二乘(LS)法
6．3 最小进化(ME)法
6．4 邻接(NJ)法
6．5 用于系统发育重建的距离测度
第七章 系统发育推断：最大简约法
7．1 寻找最大简约(MP)系统树
7．2 MP树的搜索策略
7．3 一致树
7．4 分支长度的估计
7．5 力口权简约法
7．6 用于蛋白质数据的MP法
7．7 共享的遗传特征
第八章 系统发育推断：最大似然法..
8．1 ML法的计算过程
8．2 核苷酸替代模型
8．3 蛋白质似然法
0．4 ML方法的理论基础
8．5 给定拓扑结构的参数估计
第九章 系统树的精确性和统计检验
9．1 最优原理和拓扑结构误差
9．2 内部分支检验
9．3 自展检验
9．4 拓扑结构差异的检验
9．5 不同树树方法的优缺点
第十章 分子钟与线性树
10．1 分子钟假说
10．2 相对速率检验
10．3 系统发育检验
10．4 线性构
第十一章 祖先核苷酸与氨基酸序列
11．1 祖先序列推断：简约法
11．2 祖先序列推断：贝叶斯方法
11．3 祖先分支中的同义与非同义替代
11．4 趋伺进化和平行进化
第十二章 遗传多态性和进化
12．1 遗传多态性的进化意义
12．2 等位基因频率数据的分析
12．3 再分群体中的遗传变异
12．4 多个基因座位的遗传变异
12．5 DNA多态性
12．6 检测自然选择的统计检验
第十三章 用遗传标记构建群体树
13．1 等位基因频率数据的遗传距离
13．2 限制性酶的DNA序列分析
13．3 RAPD数据分析
第十四章 展望
14．1 统计方法
14．2 基因组计划
14．3 分子生物学与进化
参考文献
附录...